Yui Kusanagi, une lycéenne et prêtresse d’un temple shinto, est amenée dans le monde des dieux par Zeus. Elle a été choisie pour intégrer une école spéciale fréquentée par des dieux, notamment ceux des mythologies shinto, gréco-romaine, nordique et égyptienne. Les liens entre les dieux et les humains se fragilisant de plus en plus, Zeus compte sur Yui pour apprendre aux dieux davantage sur les humains et la signification de l’amour